Во время обновления Upgrade Wizard зависает на одном из этапов.
Для решения нужно немного подправить исходники
В файле modules/UpgradeWizard/systemCheck.php находим строчку foreach($files as $file)
и в конце этого цикла вписываем break;
После этих изменения обновление проходит нормально.